Kök hücre tedavisi, ortopedi alanında belirli eklem rahatsızlıklarının tedavisinde kullanılmaktadır. Özellikle omuz, kalça ve diz gibi eklemlerde kıkırdak hasarı ve buna bağlı ağrı yaşayan; ancak henüz cerrahi müdahale gerektirmeyen veya ameliyat olmak istemeyen hastalar için bir seçenek olabilir. Ancak, eklem kıkırdağının büyük oranda veya tama yakın kaybı durumlarında kök hücre tedavisi genellikle uygun bir tedavi seçeneği değildir.