La thérapie par cellules souches est utilisée en orthopédie pour le traitement de certaines affections articulaires. Elle peut constituer une option, notamment pour les patients souffrant de lésions du cartilage et de douleurs associées au niveau d'articulations telles que l'épaule, la hanche et le genou, qui ne nécessitent pas encore d'intervention chirurgicale ou préfèrent ne pas être opérés. Cependant, en cas de perte importante ou quasi-totale du cartilage articulaire, la thérapie par cellules souches n'est généralement pas une option de traitement appropriée.