Точная причина синдрома PFAPA еще не до конца изучена; однако некоторые исследования предполагают, что генетические факторы могут играть роль. Во время приступов заболевания, особенно в периоды высокой температуры, наблюдается активация иммунной системы. Эта активация может привести к таким симптомам, как боль в горле, язвочки во рту или общее воспаление. Синдром PFAPA не является заразным и обычно считается поддающимся лечению состоянием.