La causa exacta del síndrome PFAPA aún no se comprende completamente; sin embargo, algunas investigaciones sugieren que los factores genéticos pueden desempeñar un papel. Durante los ataques de la enfermedad, particularmente durante los períodos de fiebre alta, se observa una activación del sistema inmunitario. Esta activación puede provocar síntomas como dolor de garganta, úlceras orales o inflamación general. El síndrome PFAPA no es contagioso y generalmente se considera una condición tratable.