A causa exata da síndrome PFAPA ainda não é totalmente compreendida; no entanto, algumas pesquisas sugerem que fatores genéticos podem desempenhar um papel. Durante os ataques da doença, particularmente durante os períodos de febre alta, observa-se a ativação do sistema imunológico. Essa ativação pode levar a sintomas como dor de garganta, úlceras orais ou inflamação geral. A síndrome PFAPA não é contagiosa e é geralmente considerada uma condição tratável.