PFAPA sendromunun kesin nedeni henüz tam olarak anlaşılamamıştır; ancak bazı araştırmalar genetik faktörlerin rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Hastalık atakları sırasında, özellikle yüksek ateş dönemlerinde, bağışıklık sistemi aktivasyonu gözlenir. Bu aktivasyon sonucunda boğaz ağrısı, ağız içi yaralar veya genel iltihaplanma gibi belirtiler ortaya çıkabilir. PFAPA sendromu bulaşıcı değildir ve genellikle tedavi edilebilir bir durum olarak kabul edilir.