चूंकि ऑटोइम्यून रोग एक व्यापक स्पेक्ट्रम को कवर करते हैं, इसलिए उनके लक्षण प्रकार के आधार पर महत्वपूर्ण रूप से भिन्न हो सकते हैं। हालांकि, कई ऑटोइम्यून स्थितियों में कुछ सामान्य लक्षण देखे जा सकते हैं। ऑटोइम्यून रोगों के सबसे आम लक्षणों में शामिल हैं: जोड़ों में दर्द और सूजन, पुरानी थकान, त्वचा संबंधी समस्याएं, पेट दर्द, पाचन संबंधी समस्याएं, बुखार और सूजी हुई लिम्फ ग्रंथियां।