Otoimmün hastalıklar geniş bir yelpazeyi kapsadığından, belirtileri türlerine göre önemli ölçüde farklılık gösterebilir. Bununla birlikte, birçok otoimmün hastalıkta gözlemlenebilen bazı ortak semptomlar mevcuttur. Otoimmün hastalıkların en yaygın belirtileri şunlardır: eklem ağrıları ve şişlik, kronik yorgunluk, cilt sorunları, karın ağrısı, sindirim problemleri, ateş ve şişmiş lenf bezleri.