Étant donné que les maladies auto-immunes couvrent un large éventail, leurs symptômes peuvent varier considérablement selon le type. Cependant, certains symptômes communs peuvent être observés dans de nombreuses affections auto-immunes. Les symptômes les plus courants des maladies auto-immunes comprennent : douleurs articulaires et gonflement, fatigue chronique, problèmes cutanés, douleurs abdominales, problèmes digestifs, fièvre et ganglions lymphatiques enflés.