स्टेम सेल उपचार के बाद फॉलो-अप प्रोटोकॉल, किए गए प्रक्रिया के प्रकार और उपचार की जा रही स्थिति के आधार पर भिन्न होते हैं। विशेष रूप से सर्जिकल हस्तक्षेप की आवश्यकता वाले स्टेम सेल अनुप्रयोगों में, चुंबकीय अनुनाद (एमआर) जैसे रेडियोलॉजिकल इमेजिंग तरीकों का उपयोग करके वस्तुनिष्ठ फॉलो-अप किया जा सकता है। रोगी के दर्द के स्तर और कार्यात्मक स्थिति में बदलावों का नियमित रूप से मूल्यांकन उपचार प्रतिक्रिया के महत्वपूर्ण संकेतकों के रूप में किया जाना चाहिए। फॉलो-अप प्रक्रिया चिकित्सक द्वारा रोगी की व्यक्तिगत स्थिति और दिए गए उपचार के लिए विशेष रूप से निर्धारित की जाती है।