Los protocolos de seguimiento después del tratamiento con células madre varían según el tipo de procedimiento realizado y la condición tratada. Especialmente en aplicaciones de células madre que requieren intervención quirúrgica, se puede realizar un seguimiento objetivo utilizando métodos de imágenes radiológicas como la resonancia magnética (RM). Los cambios en el nivel de dolor del paciente y su estado funcional deben evaluarse regularmente como indicadores importantes de la respuesta al tratamiento. El proceso de seguimiento es determinado por el médico específicamente para la condición individual del paciente y el tratamiento administrado.