Kök hücre tedavisi sonrası takip protokolleri, uygulanan işlemin türüne ve tedavi edilen rahatsızlığa göre farklılık gösterir. Özellikle cerrahi müdahale gerektiren kök hücre uygulamalarında, manyetik rezonans (MR) gibi radyolojik görüntüleme yöntemleriyle objektif takip yapılabilir. Hastanın ağrı seviyesindeki değişimler ve fonksiyonel durumu, tedaviye verilen yanıtın önemli bir göstergesi olarak düzenli olarak değerlendirilmelidir. Takip süreci, hastanın bireysel durumuna ve uygulanan tedaviye özel olarak hekim tarafından belirlenir.