Os protocolos de acompanhamento após o tratamento com células-tronco variam dependendo do tipo de procedimento realizado e da condição tratada. Especialmente em aplicações de células-tronco que exigem intervenção cirúrgica, o acompanhamento objetivo pode ser realizado usando métodos de imagem radiológica, como a Ressonância Magnética (RM). As mudanças no nível de dor do paciente e seu estado funcional devem ser avaliadas regularmente como indicadores importantes da resposta ao tratamento. O processo de acompanhamento é determinado pelo médico especificamente para a condição individual do paciente e o tratamento administrado.