कॉर्नियल क्रॉस-लिंकिंग (CXL) उपचार, जिसे एक बाँझ ऑपरेशन थिएटर सेटिंग में किया जाता है, में मूल रूप से दो चरण शामिल होते हैं। जिस आँख पर प्रक्रिया की जानी है, उसे सबसे पहले सामयिक बूंदों से सुन्न किया जाता है। इसके बाद, आँख और आसपास के क्षेत्र को रोगाणुहीन तरीके से साफ और तैयार किया जाता है। प्रक्रिया के दौरान आँख को खुला रखने के लिए एक ब्लेफरोस्टैट लगाया जाता है।

पहले चरण में, केंद्रीय कॉर्नियल उपकला को 8.5-9 मिमी व्यास के क्षेत्र पर सावधानीपूर्वक हटा दिया जाता है। उपकला को हटाने के बाद, कॉर्नियल मोटाई को ठीक से मापा जाता है। इसके बाद, रिबोफ्लेविन घोल को कुल 20 मिनट की अवधि के लिए हर दो मिनट में आँख पर स्थानिक रूप से लगाया जाता है। इस चरण के अंत में, कॉर्नियल मोटाई को फिर से मापा जाता है। यह माप महत्वपूर्ण है, क्योंकि यूवी-ए विकिरण के साथ आगे बढ़ने के लिए कॉर्निया का सबसे पतला बिंदु 400 माइक्रोन से अधिक होना चाहिए।

यदि कॉर्नियल मोटाई इस मानदंड को पूरा करती है, तो दूसरा चरण, यूवी-ए प्रकाश चिकित्सा, शुरू की जाती है। यूवी-ए विकिरण की अवधि भिन्न होती है, आमतौर पर 3 से 30 मिनट तक होती है। मानक प्रोटोकॉल के तहत, यूवी-ए विकिरण 30 मिनट तक चलता है, यह अवधि अक्सर 18 वर्ष से कम उम्र के उन रोगियों के लिए पसंद की जाती है, जिन्हें रोग की प्रगति का अधिक जोखिम होता है। वयस्क रोगियों के लिए, त्वरित प्रोटोकॉल (9-10 मिनट के विकिरण समय के साथ) आजकल तेजी से पसंद किए जा रहे हैं। दूसरे चरण के दौरान, यूवी-ए विकिरण प्रशासित करते समय, रिबोफ्लेविन घोल को हर दो मिनट में कॉर्निया पर लगाना जारी रखा जाता है।

प्रक्रिया पूरी होने पर, कॉर्निया को अच्छी तरह से धोया जाता है, मोटाई को फिर से मापा जाता है, और आँख पर एक पट्टी संपर्क लेंस लगाया जाता है। यह संपर्क लेंस तब तक अपनी जगह पर रहता है जब तक उपकला उपचार पूरा नहीं हो जाता, आमतौर पर तीसरे या चौथे दिन तक, जिसके बाद इसे हटा दिया जाता है।