Dans le traitement par ablation, le tissu cardiaque à l'origine de l'arythmie est ciblé. Au cours de cette procédure, un tube fin et flexible appelé cathéter est généralement inséré dans les vaisseaux sanguins et guidé vers le cœur. Une fois la zone cible atteinte dans le cœur, diverses sources d'énergie telles que la chaleur (ablation par radiofréquence), le froid (cryoablation), le laser ou des produits chimiques sont appliquées pour inactiver le tissu. Par ces méthodes, les voies électriques responsables des rythmes cardiaques irréguliers ou anormaux sont éliminées.

Plus précisément, dans l'ablation par radiofréquence (chaleur), des ondes radio sont utilisées pour chauffer précisément le tissu ciblé. Cette zone, exposée à des températures typiquement entre 50 et 70 degrés Celsius, perd complètement sa fonction. Ainsi, la partie causant l'arythmie et les palpitations est désactivée de manière permanente, et le rythme cardiaque du patient redevient normal.