Eine Stanzbiopsie führt, wenn sie korrekt und mit geeigneten Techniken durchgeführt wird, in der Regel zu minimalen Nebenwirkungen. Gelegentlich können Patienten nach dem Eingriff vorübergehende Blutergüsse an der Einstichstelle der Nadel oder leichte, kurzfristige Schmerzen erfahren. Diese Effekte sind im Allgemeinen vorübergehend und bilden sich von selbst zurück.