Kalın iğne biyopsisi, doğru ve uygun tekniklerle uygulandığında genellikle minimal yan etkilere sahiptir. Nadiren, iğne giriş yerinde geçici morarma veya hafif, kısa süreli ağrı hissedilebilir. Bu etkiler genellikle geçicidir ve kendiliğinden düzelir.