При правильном выполнении трепан-биопсии с использованием соответствующих методик она обычно имеет минимальные побочные эффекты. Изредка пациенты могут испытывать временные синяки в месте введения иглы или легкую, кратковременную боль после процедуры. Эти эффекты, как правило, временны и проходят самостоятельно.