Lorsqu'une biopsie au trocart est réalisée correctement et avec des techniques appropriées, elle n'entraîne généralement que des effets secondaires minimes. Rarement, les patients peuvent ressentir des ecchymoses temporaires au site d'insertion de l'aiguille ou une douleur légère et de courte durée après la procédure. Ces effets sont généralement transitoires et disparaissent d'eux-mêmes.