Die genaue Ätiologie der Kawasaki-Krankheit ist noch nicht vollständig verstanden. Aktuelle Forschungen legen jedoch nahe, dass sie wahrscheinlich aus einer Kombination genetischer Prädispositionen, viraler oder bakterieller Infektionen und Umweltauslösern resultiert. Die Beobachtung eines erhöhten Risikos bei Geschwistern betroffener Kinder unterstützt die Rolle genetischer Faktoren. Darüber hinaus deutet die höhere Prävalenz der Krankheit in Populationen asiatischer Abstammung darauf hin, dass bestimmte genetische Variationen zu ihrer Entwicklung beitragen könnten. Die Kawasaki-Krankheit ist nicht ansteckend. Obwohl sie das ganze Jahr über auftreten kann, gibt es ein bemerkenswertes saisonales Muster, wobei eine erhöhte Inzidenz häufig in den Herbst- und Wintermonaten beobachtet wird.