Точная этиология болезни Кавасаки до сих пор до конца не изучена. Однако текущие исследования показывают, что она, вероятно, является результатом комбинации генетической предрасположенности, вирусных или бактериальных инфекций и экологических триггеров. Наблюдение повышенного риска среди братьев и сестер больных детей подтверждает роль генетических факторов. Кроме того, более высокая распространенность заболевания среди населения азиатского происхождения далее предполагает, что определенные генетические вариации могут способствовать его развитию. Болезнь Кавасаки не заразна. Хотя она может возникать в течение всего года, существует заметная сезонная закономерность: повышенная заболеваемость часто наблюдается в осенние и зимние месяцы.