Kawasaki hastalığının kesin etiyolojisi henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Bununla birlikte, mevcut araştırmalar, hastalığın genetik yatkınlıklar, viral veya bakteriyel enfeksiyonlar ve çevresel tetikleyicilerin bir kombinasyonundan kaynaklandığını düşündürmektedir. Etkilenen çocukların kardeşlerinde gözlemlenen artmış risk, genetik faktörlerin rolünü desteklemektedir. Ek olarak, hastalığın Asya kökenli popülasyonlarda daha sık görülmesi, belirli genetik varyasyonların gelişimine katkıda bulunabileceğini düşündürmektedir. Kawasaki hastalığı bulaşıcı değildir. Yıl boyunca ortaya çıkabilse de, sonbahar ve kış aylarında sıklıkla artan bir insidans ile belirgin bir mevsimsel örüntü bulunmaktadır.