L'étiologie précise de la maladie de Kawasaki n'est pas encore entièrement comprise. Cependant, les recherches actuelles suggèrent qu'elle résulte probablement d'une combinaison de prédispositions génétiques, d'infections virales ou bactériennes et de déclencheurs environnementaux. L'observation d'un risque élevé chez les frères et sœurs d'enfants affectés soutient le rôle des facteurs génétiques. De plus, la prévalence plus élevée de la maladie dans les populations d'ascendance asiatique suggère davantage que certaines variations génétiques pourraient contribuer à son développement. La maladie de Kawasaki n'est pas contagieuse. Bien qu'elle puisse survenir tout au long de l'année, il existe un schéma saisonnier notable, avec une incidence accrue souvent observée pendant les mois d'automne et d'hiver.