Malabsorpsiyon için başlangıç tanı adımları tipik olarak tam kan sayımı (CBC) ve kapsamlı metabolik panel içerir. Bunları takiben, demir, B12 vitamini, folik asit ve D vitamini gibi malabsorpsiyondan yaygın olarak etkilenen temel besinlerin vücuttaki düzeylerini ölçmek için özel testler yapılır. Yağ malabsorpsiyonunu değerlendirmek amacıyla, dışkıda yağ (steatorre) varlığını tespit etmek için dışkı testi uygulanır. Çölyak hastalığı antikorları için kan testleri de rutin olarak değerlendirilir. Ayrıca, pankreas enzim yetersizliğini değerlendirmek için fekal elastaz ve enflamatuar bağırsak hastalığını taramak için fekal kalprotektin testleri dışkı analizine dahil edilebilir. Klinik olarak gerekli görüldüğünde, gastroskopi ve kolonoskopi gibi endoskopik prosedürler uygulanabilir ve histolojik inceleme için biyopsiler alınabilir.