Os passos diagnósticos iniciais para a malabsorção geralmente incluem um hemograma completo (CBC) e um painel metabólico abrangente. Posteriormente, são realizados testes específicos para medir os níveis corporais de nutrientes essenciais comumente afetados pela malabsorção, como ferro, vitamina B12, ácido fólico e vitamina D. Para avaliar a malabsorção de gorduras, um teste de fezes é realizado para detectar a presença de esteatorreia. Testes sanguíneos para anticorpos da doença celíaca também são rotineiramente considerados. Análises adicionais de fezes podem incluir testes para elastase fecal para avaliar a insuficiência enzimática pancreática e calprotectina fecal para rastrear doenças inflamatórias intestinais. Quando clinicamente indicado, procedimentos endoscópicos como gastroscopia e colonoscopia podem ser realizados, permitindo a coleta de biópsias para exame histológico.