PFO'nun kesin nedeni henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Fetal dönemde kalbin sağ ve sol üst odacıkları (atriyumlar) arasında bulunan, kapakçıklı bir yapı olan foramen ovale, normalde doğum sonrası bebeklik döneminde kendiliğinden kapanır. Ancak, bazı durumlarda bu açıklık bilinmeyen nedenlerle kapanmayarak açık kalabilir.