Günümüzde 80'den fazla otoimmün hastalık tanımlanmıştır. En sık karşılaşılan otoimmün hastalıklardan bazıları şunlardır: tip 1 diyabet, multipl skleroz (MS), lupus ve romatoid artrit. Ayrıca, tiroid bezini etkileyen Graves ve Haşimato hastalığı; bağırsakları etkileyen Crohn ve Çölyak hastalığı; cildi etkileyen Behçet hastalığı, sedef hastalığı ve vitiligo gibi durumlar da bu kategoriye girer.