वर्तमान में 80 से अधिक ऑटोइम्यून बीमारियों की पहचान की गई है। कुछ सबसे अधिक सामने आने वाली ऑटोइम्यून बीमारियों में टाइप 1 मधुमेह, मल्टीपल स्केलेरोसिस (MS), ल्यूपस और रुमेटीइड गठिया शामिल हैं। इसके अतिरिक्त, थायरॉयड ग्रंथि को प्रभावित करने वाली स्थितियाँ जैसे ग्रेव्स रोग और हाशिमोटो रोग; आंतों को प्रभावित करने वाली स्थितियाँ जैसे क्रोहन रोग और सीलिएक रोग; और त्वचा को प्रभावित करने वाली स्थितियाँ जैसे बेहसेट रोग, सोरायसिस और विटिलिगो भी इस श्रेणी में आती हैं।