Plus de 80 maladies auto-immunes sont actuellement identifiées. Parmi les maladies auto-immunes les plus courantes figurent le diabète de type 1, la sclérose en plaques (SEP), le lupus et la polyarthrite rhumatoïde. De plus, la maladie de Graves et la thyroïdite de Hashimoto, qui affectent la glande thyroïde ; la maladie de Crohn et la maladie cœliaque, qui affectent les intestins ; et des affections cutanées telles que la maladie de Behçet, le psoriasis et le vitiligo, entrent également dans cette catégorie.