Akciğer embolisi, altta yatan risk faktörleri giderilmez ve tedaviye doğru şekilde uyulmazsa tekrarlayabilir. Yeni bir pıhtı oluşumunu engellemek amacıyla, genellikle en az 6 ay süreyle kan sulandırıcı (antikoagülan) ilaçlar kullanılır. Tedaviye tam uyum ve düzenli doktor kontrolleri, hastalığın tekrarlama riskini önemli ölçüde azaltır.