Тромбоэмболия легочной артерии может рецидивировать, если не устранены основные факторы риска и не соблюдается режим лечения. Чтобы предотвратить образование нового сгустка, антикоагулянты обычно используются в течение как минимум 6 месяцев. Полное соблюдение режима лечения и регулярные медицинские осмотры значительно снижают риск рецидива заболевания.