Kawasaki hastalığı doğrudan kalıtsal bir hastalık olarak sınıflandırılmamaktadır. Bununla birlikte, genetik yatkınlığın hastalığın gelişiminde rol oynadığına dair güçlü kanıtlar bulunmaktadır. Ailesinde Kawasaki hastalığı öyküsü olan (özellikle bir kardeşin hastalığı geçirmiş olması) veya belirli genetik belirteçlere sahip çocuklarda hastalığa yakalanma riski daha yüksektir. Bu durum, genetik faktörlerin hastalığın ortaya çıkışında önemli bir katkısı olduğunu düşündürmektedir.