Болезнь Кавасаки не классифицируется как непосредственно наследственное заболевание. Однако существуют убедительные доказательства того, что генетическая предрасположенность играет роль в ее развитии. Дети с семейным анамнезом болезни Кавасаки (особенно если брат или сестра перенесли это заболевание) или с определенными генетическими маркерами имеют более высокий риск развития заболевания. Это указывает на то, что генетические факторы вносят значительный вклад в возникновение заболевания.