A doença de Kawasaki não é classificada como uma doença diretamente hereditária. No entanto, há fortes evidências que sugerem que a predisposição genética desempenha um papel no seu desenvolvimento. Crianças com histórico familiar de doença de Kawasaki (especialmente se um irmão teve a doença) ou aquelas com marcadores genéticos específicos têm um risco maior de desenvolver a doença. Isso indica que os fatores genéticos contribuem significativamente para o início da doença.