Alerjiler, bağışıklık sisteminin normalde zararsız olan yabancı maddelere (alerjenlere) aşırı tepki vermesiyle meydana gelir. Bu durumda, bağışıklık sistemi bu maddeleri tehlikeli olarak sınıflandırır ve aşırı bir bağışıklık tepkisi semptomlara yol açar. Buna karşın, otoimmün hastalıklarda bağışıklık sistemi, doğrudan kendi vücudunun bileşenlerini düşman olarak algılayıp onlara saldırır.