Pernisiyöz anemi teşhisi, öncelikle bir doktora başvurarak kapsamlı bir fiziki muayene ile başlar. Doktor, hastanın tıbbi geçmişini detaylı bir şekilde değerlendirir ve altta yatan olası nedenleri inceler. Özellikle bağırsak problemleri, otoimmün hastalıklar veya ailede benzer bir hastalık öyküsü gibi faktörler, teşhis sürecinde kritik öneme sahiptir. Duruma göre, kardiyolog, nörolog, gastroenterolog ve hematolog gibi farklı uzmanlık alanlarından hekimlerin multidisipliner bir yaklaşımla iş birliği yapması gerekebilir. Kesin teşhis, çeşitli kan testleri ve diğer laboratuvar analizleri ile konulur.