पर्नीशियस एनीमिया का निदान मुख्य रूप से डॉक्टर द्वारा एक व्यापक शारीरिक परीक्षण से शुरू होता है। डॉक्टर रोगी के चिकित्सा इतिहास का गहन मूल्यांकन करते हैं और संभावित अंतर्निहित कारणों की जांच करते हैं। आंतों की समस्याएं, ऑटोइम्यून रोग, या समान स्थितियों का पारिवारिक इतिहास जैसे कारक निदान प्रक्रिया में महत्वपूर्ण हैं। स्थिति के आधार पर, हृदय रोग विशेषज्ञ, न्यूरोलॉजिस्ट, गैस्ट्रोएंटेरोलॉजिस्ट और हेमेटोलॉजिस्ट जैसे विभिन्न क्षेत्रों के विशेषज्ञों के एक बहु-विषयक दृष्टिकोण की आवश्यकता हो सकती है। विभिन्न रक्त परीक्षणों और अन्य प्रयोगशाला विश्लेषणों के माध्यम से एक निश्चित निदान स्थापित किया जाता है।