Çikolata kisti (endometrioma) ameliyatı kararı, yalnızca belirli bir büyüklük sınırına bağlı değildir. Bunun yerine, hastanın yaşı, doğurganlık endişeleri ve rüptür (yırtılma) ve torsiyon (burulma) gibi komplikasyon riskleri gibi faktörleri dikkate alan kapsamlı bir değerlendirme gerektirir. Bu karar, hasta ile işbirliği içinde alınmalıdır. Rüptür, yumurtalık içindeki endometriomanın yırtılması ve içeriğinin karın boşluğuna dökülmesidir. Torsiyon ise, endometriomayı da içeren yumurtalık ve fallop tüpünün kendi ekseni etrafında dönmesiyle kan akışının bozulması ve potansiyel olarak nekroz (doku ölümü) ile sonuçlanmasıdır. Burulmayı giderme (untwisting) işlemi bazen yumurtalık ve tüpü normal konumlarına geri getirse de, ne yazık ki bazı durumlarda yumurtalık her zaman kurtarılamayabilir.