चॉकलेट सिस्ट (एंडोमेट्रियोमा) सर्जरी का निर्णय केवल एक विशिष्ट आकार सीमा पर आधारित नहीं होता है। इसके बजाय, इसमें रोगी की आयु, प्रजनन संबंधी चिंताएँ, और फटने (रप्चर) और मरोड़ (टॉर्शन) जैसी जटिलताओं के जोखिम जैसे कारकों पर विचार करते हुए एक व्यापक मूल्यांकन शामिल होता है। यह निर्णय रोगी के साथ मिलकर लिया जाना चाहिए। रप्चर का अर्थ है अंडाशय के भीतर एंडोमेट्रियोमा का फटना, जिससे उसकी सामग्री पेट की गुहा में फैल जाती है। टॉर्शन तब होता है जब अंडाशय और फैलोपियन ट्यूब, जिसमें एंडोमेट्रियोमा भी शामिल है, अपनी धुरी पर मुड़ जाते हैं, जिससे रक्त की आपूर्ति बाधित होती है और संभावित रूप से नेक्रोसिस (ऊतक मृत्यु) हो सकती है। हालांकि एक अनट्विस्टिंग प्रक्रिया कभी-कभी अंडाशय और ट्यूब को उनकी सामान्य स्थिति में बहाल कर सकती है, दुर्भाग्य से, सभी मामलों में अंडाशय को हमेशा बचाया नहीं जा सकता है।