Kawasaki hastalığının belirtileri tipik olarak üç aşamada ortaya çıkar.

Kawasaki Hastalığı 1. Dönem Belirtileri (Akut Dönem):
Bu dönemde yüksek ve inatçı ateş ile birlikte belirgin enflamasyon bulguları görülür.
* En az beş gün süren yüksek ateş
* Yoğun akıntı olmaksızın aşırı derecede kırmızı gözler (konjonktivit)
* Gövdede, genital bölgede veya kasıklarda döküntü
* Kırmızı, kuru, çatlamış dudaklar ve "çilek dili" olarak bilinen belirgin kırmızı, şişmiş dil
* Avuç içlerinde ve ayak tabanlarında şişlik ve kızarıklık
* Genellikle tek taraflı olmak üzere boyun lenf bezlerinde şişme (servikal lenfadenopati)

Kawasaki Hastalığı 2. Dönem Belirtileri (Subakut Dönem):
Ateşin düşmesi ve diğer akut belirtilerin hafiflemesiyle başlayan bu dönem dört haftaya kadar devam edebilir.
* Huzursuzluk
* İştahsızlık
* Parmak uçlarında ve perianal bölgede cilt soyulmaları
* Trombosit sayısında yükselme (trombositoz)

Kawasaki Hastalığı 3. Dönem Belirtileri (Nekahat Dönemi):
Bu dönemde, herhangi bir komplikasyon gelişmediği takdirde belirti ve semptomlar giderek kaybolur. Hastalığın tüm klinik bulgularının ortadan kalktığı ve laboratuvar değerlerinin normale döndüğü tam iyileşme süreci genellikle altıncı haftadan sonra başlar.