Kemik iliği biyopsisi genellikle sedasyon altında uygulandığından, hastaların büyük çoğunluğu işlem sırasında herhangi bir ağrı veya rahatsızlık hissetmez. Eğer işlem lokal anestezi ile gerçekleştirilirse, hasta iğnenin ilerlemesi sırasında hafif bir baskı, çekilme hissi veya kısa süreli, hafif bir ağrı duyabilir. Biyopsi sonrasında, işlem yapılan bölgede hafif bir kemik ağrısı yaşanması beklenebilir. Bu tür ağrılar genellikle reçetesiz satılan ağrı kesicilerle kolayca kontrol altına alınabilir ve birkaç gün içinde kendiliğinden kaybolur.