Koroner anjiyografi, genellikle güvenli bir prosedür olmakla birlikte, çok nadir durumlarda ciddi komplikasyonlar gelişebilir. Bunlar arasında, kateterin geçtiği ana atardamarda (aort) veya koroner damarın giriş noktasında yırtılma (diseksiyon) oluşumu yer alır. Aort damarındaki yırtılmalar genellikle ciddi sonuçlar doğurmazken, koroner damar ağzındaki yırtılmalar kalp krizi veya ölümle sonuçlanabilecek potansiyel taşır. Bu tür riskler, özellikle ciddi koroner arter hastalığı ve ana damarda darlık olan hastalarda daha yüksektir. Anjiyografi sırasında ölümcül komplikasyonların genel olasılığı yaklaşık olarak binde bir (1/1000) olarak bildirilmektedir. Ancak, prosedürün faydaları ve genel güvenlik profili göz önüne alındığında, anjiyografi çok düşük riskli bir işlemdir.