Dizanteri tedavisinde, sıvı kaybını yerine koymak esastır ve bu hayati öneme sahiptir. Ağızdan alınan rehidrasyon solüsyonları genellikle tercih edilir. Ancak, ciddi sıvı kaybı durumlarında, özellikle hasta şiddetli bulantı ve kusma nedeniyle yeterli sıvı ve gıda alamıyorsa, başlangıçta damar yoluyla (intravenöz) sıvı verilmesi gerekebilir.

Ciddi dizanteri formlarında, tedavi sadece sıvı yönetimini değil, aynı zamanda hastalığa neden olan spesifik mikrobiyal etkene yönelik terapileri de kapsar. Amipli dizanteride, amipleri yok etmek için metronidazol gibi antiparaziter ilaçlar kullanılır. Basilli dizanteride ise Shigella bakterilerine etkili antibiyotikler reçete edilir. Dizanteri tedavisinde ishal kesici ilaçların genellikle önerilmediğini belirtmek önemlidir. Antibiyotik tedavisinin gerekliliği, bazı vakaların antibiyotiksiz de iyileşebileceği göz önüne alındığında, bir doktor tarafından belirlenecektir.