Kolonoskopi işlemi sırasında hastalar, uygulanan anestezi veya sedasyon sayesinde genellikle herhangi bir ağrı veya rahatsızlık hissetmezler. Hastaların çoğunlukla dile getirdiği şikayetler, işlem sonrası yaşanabilen hafif gaz sancılarıdır. Bu tür rahatsızlıkları azaltmak için işlem sonrası bol sıvı tüketimi ve kısa yürüyüşler yapılması önerilmektedir.