Während einer Koloskopie verspüren Patienten aufgrund der verabreichten Anästhesie oder Sedierung in der Regel keine Schmerzen oder Beschwerden. Die am häufigsten von Patienten geäußerten Beschwerden sind leichte Blähungen, die nach dem Eingriff auftreten können. Um solche Beschwerden zu lindern, wird empfohlen, nach dem Eingriff viel Flüssigkeit zu trinken und kurze Spaziergänge zu machen.