कोलोनोस्कोपी के दौरान, मरीजों को दी गई एनेस्थीसिया या बेहोशी की दवा के कारण आमतौर पर कोई दर्द या बेचैनी महसूस नहीं होती है। मरीजों द्वारा सबसे अधिक व्यक्त की जाने वाली शिकायतें प्रक्रिया के बाद होने वाले हल्के गैस के दर्द हैं। ऐसी बेचैनी को कम करने के लिए, प्रक्रिया के बाद खूब सारे तरल पदार्थ पीने और छोटी सैर करने की सलाह दी जाती है।