Во время колоноскопии пациенты, как правило, не испытывают боли или дискомфорта благодаря применяемой анестезии или седации. Наиболее частые жалобы пациентов связаны с легкими газовыми болями, которые могут возникнуть после процедуры. Для облегчения такого дискомфорта рекомендуется употреблять много жидкости и совершать короткие прогулки после процедуры.