Kapsül endoskopinin çeşitli dezavantajları bulunmaktadır. Geleneksel endoskopik prosedürlerin aksine, gerçek zamanlı görüntüleme veya hekim kontrolü sunmaz; bu da belirli alanların yeniden incelenememesi, farklı açılardan görüntülenememesi veya daha iyi değerlendirme için görüşü engelleyen salgıların temizlenememesi anlamına gelir. Ayrıca, polipler, ülserler, kanama bölgeleri veya kitleler gibi tespit edilen lezyonların kesin tanısı için hayati öneme sahip biyopsi alınamaz. Kapsül endoskopinin tedavi edici yetenekleri de yoktur; örneğin, kanamayı tespit edebilir ancak durdurmak için müdahale edemez. Son olarak, işlem genellikle pahalıdır ve birçok sigorta sağlayıcısı tarafından karşılanmayabilir.