Die Kapselendoskopie weist mehrere Nachteile auf. Im Gegensatz zu traditionellen endoskopischen Verfahren bietet sie keine Echtzeit-Visualisierung oder ärztliche Kontrolle, was bedeutet, dass spezifische Bereiche nicht erneut untersucht, aus verschiedenen Winkeln betrachtet oder von störenden Sekreten für eine bessere Beurteilung befreit werden können. Darüber hinaus ist sie nicht in der Lage, Biopsien zu entnehmen, die für die definitive Diagnose von entdeckten Läsionen wie Polypen, Geschwüren, Blutungsstellen oder Massen entscheidend sind. Die Kapselendoskopie verfügt auch nicht über therapeutische Fähigkeiten; zum Beispiel kann sie Blutungen identifizieren, aber nicht eingreifen, um sie zu stoppen. Schließlich ist das Verfahren oft kostspielig und wird möglicherweise nicht von vielen Versicherungen übernommen.