La endoscopia con cápsula presenta varias desventajas. A diferencia de los procedimientos endoscópicos tradicionales, no ofrece visualización en tiempo real ni control por parte del médico, lo que significa que no se pueden reexaminar áreas específicas, ver desde diferentes ángulos o limpiar secreciones que obstruyan la visión para una mejor evaluación. Además, no puede realizar biopsias, que son cruciales para el diagnóstico definitivo de lesiones detectadas como pólipos, úlceras, puntos de sangrado o masas. La endoscopia con cápsula tampoco tiene capacidades terapéuticas; por ejemplo, puede identificar una hemorragia pero no puede intervenir para detenerla. Por último, el procedimiento suele ser costoso y puede no estar cubierto por muchas compañías de seguros.